https://blog.sunfit-brain.com/categories/paper/ Recent content in paper on Sunfit Brain Lab. Hugo -- gohugo.io ja-jp Wed, 23 Nov 2022 09:11:33 +0900 https://blog.sunfit-brain.com/posts/laurent_et_al_2019/ Wed, 23 Nov 2022 09:11:33 +0900 https://blog.sunfit-brain.com/posts/laurent_et_al_2019/ 元論文: Survival of Self-Replicating Molecules under Transient Compartmentalization with Natural Selection 自己複製分子 (replicator) が、寄生体（parasite）を伴った環境において一時的な区画化（transient compartment）の下で自然選択的に生存するか、生存するならば一時的な区画化は生存に対してどのような影響を与えるのかを調べた研究。 実験方法 次の 4 ステップを 1 round として、$R (\in \mathbb{N})$ round 実行する。 プールから区画に分子を割り当てる（Inoculate） 区画の総分子数 $n = m + y \in \mathbb{N}$ は平均 $\lambda$ のポアソン分布に従うものとみなしてサンプリングする。ここで $m$ は replicator の数で $y$ は parasite の数を表す。 replicator の数 $m$ はパラメータ $x$ を持つ二項分布に従うものとみなしてサンプリングする。 各区画で replicator と parasite の時間発展を行う（Maturate） Inoculate ステップ で得た $m$ と $y=n-m$ を初期値として、次のダイナミクスを実行する。 $$ \begin{aligned} \dot{m}(t) &= \alpha m(t)^2\\ \dot{y}(t) &= \gamma m(t) y(t) \end{aligned} $$